Die organotrope Homöopathie wird, ebenso wie die Komplexmittel-Homöopathie, häufig und gern zur Selbstmedikation herangezogen.
Der Einnahme der oft niedrig potenzierten homöopathischen Arzneien geht in der Regel eine klinische Diagnose zuvor. Auch die Betrachtungsweise des Körpers – als Summe seiner Organe – ist eher schulmedizinisch als alternativ denkend. Werden bestimmte Organkrankheiten festgestellt, wird nur dieses betroffene Organ behandelt. Es wird also gesondert betrachtet. Die Mittel werden also weder nach dem Prinzip der Individualität, noch nach dem der Ganzheitlichkeit verordnet. Die Prinzipien der Ähnlichkeit werden zwar bedacht, aber nicht bis in die letzte Konsequenz ausgeführt.
Die organotrope Homöopathie eignet sich aus diesen Gründen nicht für die Behandlung chronischer Krankheiten. Meistens benutzen Schulmediziner sie bei akuten Beschwerden, als für sich stehende Therapie oder unterstützende Maßnahme. So berichtet die „Ärztezeitung“ beispielsweise darüber, welche Arzneien bei einer akuten Gastroenteritis zur Verwendung kommen können und hebt vor allem hervor, dass die Diagnose im Falle der organotropen Homöopathie besonders schnell gehe und keine „stundenlange Anamnese“ nötig sei. Das Beispiel zeigt, dass hier versucht wird, einfach die Arzneien der Schulmedizin gegen die homöopathischen Mittel auszutauschen, ohne eine Angleichung der medizinischen Vorgehensweise vorzunehmen.
