Schon vor 6000 Jahren wusste man um die Heilkraft bestimmter Pflanzen. Die Phytotherapie kann also eine ausschweifende Geschichte vorweisen.
Wissenschaftler entdeckten erste Zeugnisse der Beschäftigung mit Heilpflanzen, deren Alter auf 6000 Jahre geschätzt wurde. Es handelt sich dabei um Tontafeln aus der Umgebung des Persischen Golfs, die mit Keilschrift versehen sind. Die alten Ägypter beschäftigten sich, Dokumenten zufolge, ebenso mit der Pflanzenheilkunde. Eine Schrift weist darauf hin, dass sie bereits über 600 Pflanzen und ihre möglichen Beschwerdebilder kannten. Die Geschichte führt uns danach weiter nach China, wo 3000 Jahre vor unserer Zeitrechnung ein Buch entstand, dass sich mit Phytomedizin befasste. Danach finden sich Spuren in der Antike, etwa 2500 Jahre später. Man schreibt sie dem Arzt Hippokrates zu. Im ersten Jahrhundert vor Christus lässt sich die Geschichte der Pflanzenheilkunde weiter verfolgen: Ein Buch des Arztes Dioskorides lehrt über Wirkungen von Pflanzen. Aus dieser Epoche stammt auch das Werk des Römers Plinius Secundus. Er verfasste ein Lexikon der Heilpflanzen in insgesamt zwölf Bänden.
Als Urheber der Pflanzenheilkunde gilt Claudius Galenius, der im zweiten Jahrhundert der modernen Zeitrechnung wirkte. In Deutschland entwickelte sich die Pflanzenheilkunde im kirchlichen Umfeld weiter. Im Mittelalter wuchsen Heilpflanzen in den Gärten der Klöster. In diesem Zusammenhang ist vor allem die Äbtissin Hildegard von Bingen zu nennen, die Werke zur Ursache und Behandlung von Krankheiten verfasste und dabei das Wissen der Volksmedizin über Pflanzen verarbeitete. Aus diesem Umfeld stammt auch Paracelsus. Er erkannte, dass ein Heilkundiger vom Äußeren einer Pflanze auf ihre Wirkung schließen kann. Die Methode ging unter dem Begriff „Signaturenlehre“ in die medizinische Geschichte ein. In der Folgezeit sorgte vor allem die Inquisition dafür, dass ein weitreichender Teil des mittelaterlichen Kräuterwissens verloren ging. Es dauerte lange, bis die Phytotherapie wiederentdeckt wurde. Unter anderem ist es Sebastian Kneipp zu verdanken, der die Lehre im Volk weiter bekannt machte.
Im 20. Jahrhundert entstand der erste Lehrstuhl für Phytotherapie in Deutschland. Initiator dieser Entwicklung war der Arzt Dr. Rudolf Fritz Weiß. Ab diesem Zeitpunkt steigerte sich die wissenschaftliche Auseinandersetzung und in der Folge auch die Anerkennung durch die konventionelle Medizin. Heute wächst die Popularität wieder enorm. Es gibt eine Spaltung zwischen Anhängern unkonventioneller Medizin, wie der Bach-Blüten-Therapie und der Homoöpathie, und den den Verfechtern der klassischen Schulmedizin.