In der Zeit zwischen 1790 und 1796 hat Hahnemann noch mehrere Selbstversuche mit unterschiedlichen Mitteln unternommen.
Dabei festigte sich eine These: „similia similibus curentur“ (Ähnliches werde durch Ähnliches geheilt). Dieses Annahme, gestützt u.a. mit den Ergebnissen der Selbstversuche, veröffentlichte der mittlerweile in Königslutter ansässige Hahnemann in einem medizinischen Fachjournal. Ob der Arzt schon vorher Patienten nach diesem Prinzip behandelt hat, kann nicht zweifelsfrei geklärt werden. Ungefähr ab 1803 muss er es, seinen Behandlungsjournalen zufolge aber getan haben. Die Begrifflichkeiten und weitere Grundsätze der Homöopathie entwickelten sich erst einige Zeit später.
Im Jahre 1810 erschien ein Grundlagenwerk, dass noch heute als das Standardwerk der Homöopathie gilt. Insgesamt existieren sieben Auflagen des „Organon der Heilkunst“, die alle etwas unterschiedlich sind, da sie bis zur fünften Auflage (1833) von Hahnemann selbst immer wieder überarbeitet wurden. Eine sechste Auflage wurde erst im Jahre 1921 von Richard Haehl veröffentlicht, der ein Manuskript von Hahnemann benutzte. Heute, nach einer weiteren textkritischen Ausgabe aus dem Jahre 1992, wissen wir, dass die sechste Auflage wohl in einigen Teilen nicht mit dem Originalmanuskript konform ist. Das ist ein Problem, da gerade diese Ausgabe lange Zeit als das Standardwerk schlechthin galt. Bei Studien und der kritischen Herangehensweise an die homöopathischen Grundlagen muss dieser Umstand unbedingt bedacht werden, zumal sich die klassische Homöopathie nach Hahnemanns Tod 1843 größtenteils nach der Ausgabe von Haehl weiterentwickelt hat.
